Flere kapeller blev bygget på den nordlige side af kirken i det 14. århundrede, herunder St. George's kapel, der ligger på stedet for den nuværende nordhal, og det lille kapel, der var forbundet med den nordlige midtergang af to høje buegange. St Matthew's kapel blev rejst på den sydlige side af tårnet.
En mere grundig genopbygning af kirken fandt sted i det 15. århundrede. Efter byggearbejdet fra 1405-1420 ændrede koret og skibets former sig til dem, man kan kende i dag.
St. Nicholas var en af byens mest storslåede og smukke kirker i middelalderen. I begyndelsen af 1600-tallet havde den mere end tyve sidealtre. Hanseatidenes herlighed og de lokale handlendes velstand er synlige i værdifulde kunstværker, bestilt af Europas store kunstcentre. De mest kendte er værkerne fra Lübeck-mestere fra den sene middelalder - Bernt Notkes Danse Macabre og den storslåede retablering af højalteret fra værkstedet Hermen Rode, som stadig kan ses i kirken i dag. En syvarmet messingkandelabrum, næsten fire meter høj (en af verdens største), doneret til kirken i begyndelsen af 1600-tallet, kan også stadig beundres den dag i dag.
